大水槽に展示されている魚類には、アジ・サバなどの日本沿岸でたくさん捕獲される多獲性魚類を餌として使用する。多獲性魚類は、価格も安価で安定して供給できるため。新鮮で急速冷凍したものを与えます。
マイナス55℃～マイナス35℃で急速冷凍した餌は、週に一度一週間で使用する分の餌を保冷車で運びます。急速冷凍する理由は、餌の中の寄生虫やその卵を死滅させること、餌の鮮度を保つことが目的です。搬入された餌も冷凍庫に入れ、マイナス25℃で保存されます。
使用する餌は、調餌場のシンクで解凍され、与える魚類の大きさに合わせ調餌されます。食べやすいようにエビは皮を剝き、イカは飼育水を汚さぬよう内臓を取り去り輪切りにして与えます。餌の中にはレタスなどもあり、丸ごと水槽に入れハギなどの餌にします。
与えるえさの量は、毎日目方を量り、魚の餌の摂餌が良好か、残ってしまった餌はないか確認します。１日の餌として与える量は、魚体重当たり３％を基準にしています。
餌は、大水槽上にあるキャットウォークから与えます。水槽の底にいる魚は、バケツにひもをつけ、水槽底まで餌を持っていき、そこでバケツをひっくり返して餌を与えます。また、一日２回ダイバーが水中給餌を行い餌が行き届かない魚に餌を与えます。